В работе представлены результаты генетической идентификации изолятов вируса крымской-конго геморрагической лихорадки (ККГЛ), выявленных на территории Крымского федерального округа, при проведении эпидемиологического расследования завозного случая крымской геморрагической лихорадки из Крыма в 2015 г. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на наличие РНК вируса ККГЛ исследована 1 проба сыворотки крови больной и 61 пул (506 особей) иксодовых клещей, собранных при проведении эпизоотологического обследования шести административных районов Крымского федерального округа. В сыворотке крови больной и 10 пробах иксодовых клещей выявлена РНК вируса ККГЛ. Генетическую идентификацию изолятов вируса ККГЛ осуществляли методами секвенирования фрагментов S-, M- и L-сегментов генома. На основании результатов молекулярно-генетического анализа установлена высокая степень гомологии РНК вирусов ККГЛ в пробе сыворотки крови и 3 пробах суспензий клещей и принадлежность их к новой генетической подгруппе «Крым» (Vd) генотипа «Европа-1». Выполнено полногеномное секвенирование 2 изолятов вируса ККГЛ подгруппы «Крым» (Vd). Варианты вируса ККГЛ подгруппы «Крым» (Vd) генотипа «Европа-1» описаны впервые и являются эндемичными для территории Крымского полуострова.