В настоящее время на рынке программного обеспечения для государственных учреждений наблюдается проблема выбора информационной системы, удовлетворяющей критериям цены и качества, из-за большого количества однотипных программных продуктов разных разработчиков. Предложенная в статье методика позволяет оценить полноту автоматизируемых функций по отношению к типовой системе, а также степень подобия и взаимосвязи различных систем между собой. На первом этапе предлагается определение мощностей пересечения, разности и поглощения систем. На втором этапе для определения степени взаимосвязи между системами предлагается использование логических матриц построения и расчет процентного соотношения общих функций. Применение данной методики продемонстрировано на примере проведения сравнительного анализа наиболее распространенных программных комплексов для государственных учреждений в социальной сфере.