Представлен авторский подход к классификации методик оценки эффективности деятельности структурных элементов инновационной образовательной системы; охарактеризована методология оценки социально-экономической эффективности инновационной образовательной системы; выявлены и систематизированы социально-экономические факторы и риски, влияющие на экономическую эффективность инновационной образовательной системы; разработаны рекомендации по повышению социально-экономической эффективности инновационной образовательной системы