В статье обсуждаются причины пространственной неоднородности муниципальных образований по уровню их социально-экономического развития. Процесс управления муниципальными образованиями должен обеспечивать достижение целей регионального развития на основе использования имеющихся ресурсов региональной природнохозяйственной и социально-экономической системы. Обобщен ряд проблем, приводящих к неэффективной реализации ряда функций по управлению социально-экономическим развитием региона. Автором сделан вывод о значительной роли муниципальных образований как объектов управления в структуре управления социально-экономическим развитием региона