Е.Е. Милановский — автор многочисленных работ, посвященных исследованию рифтовых структур Земли. Он выделил их основные типы, рассмотрел особенности проявления рифтогенеза в океанах и на континентах, связал этот процесс с проявлением глобальных пульсаций расширения Земли. Е.Е. Милановский — лидер в создании учения о рифтогенезе; его работы характеризуют рифтогенез как новый тектонотип в структурах Земли