В плейстоцене Маныча установлено существование четырех проливов, периодически соединявших Понто-Каспийские водоемы: бакинско-позднечаудинского, раннехазарско-древнеэвксинского, позднехазарско-карангатского и раннехвалынско-новоэвксинского. Для их морфологии характерна унаследованность структуры и основных черт рельефа строения ложа молодых проливов от более древних. В современном рельефе прогиба выражены только следы раннехвалынского пролива и предшествовавшего ему буртасского озера. Незначительные уклоны первичного ложа проливов и относительно тонкий состав заполняющих их отложений свидетельствуют о господстве спокойного гидрологического режима. Активная гидравлика с глубоким эрозионным врезом периодически возникала у восточного и западного выходов пролива и связана с существованием “пробки” (высокого порога) у Зунда-Толга и непостоянством уровенного режима Азовско-Черноморского бассейна.Роль Маныча в истории смежных ему Понто-Каспийских бассейнов была разной, обусловленной существованием в его депрессии пролива или сухопутного перешейка. Возникновение проливов всегда было обусловлено подъемом уровня Каспийского моря и высотой порога у Зунда-Толга, а следствием поступления каспийских вод в понтические водоемы были изменение их уровня, солевого состава и миграция фауны. В Каспии после открытия пролива уровень падал, в Черном море повышался, происходили его заполнение водой каспийского типа солености и практически односторонняя миграция солоноватоводной каспийской фауны. Достоверно не установлено поступление черноморских вод в Каспий, а понтическая фауна появлялась только на Маныче и реже — на смежных участках Северного Прикаспия. Максимальное влияние каспийских вод на Черное море отмечалось в эпохи бакинской и раннехазарской трансгрессий Каспия, небольшое — во время раннехвалынской трансгрессии и минимальное в позднехазарскую эпоху.