Р.Л. Мерклин был крупным специалистом-малакологом, автором определителя двустворчатых моллюсков олигоцена юга СССР и других работ, показавших стратиграфическое значение этой группы. Он стремился по комплексам фауны выделить горизонты, отражавшие этапы развития морских бассейнов. Мерклин понял, что ащеайрыкская свита Северного Устюрта — это не регрессивная фация чеганской свиты, а отражение нового этапа, и на ее основе установил карашокинский горизонт. Для более молодых отложений бассейна с пониженной соленостью он использовал предложенное раньше название “соленовский горизонт”, показав, что опреснение отнюдь не было локальным, а охватило огромные площади. Для следующего этапа, когда соленость бассейна вновь стала нормально-морской, Р.Л. Мерклин выделил байгубекский горизонт. Карашокинский и соленовский горизонты он отнес к рюпельскому, а байгубекский — к хаттскому ярусу. Он не принял некоторых господствующих ныне точек зрения, например о переносе латдорфских отложений в эоцен и двучленном делении олигоцена; но думается, что положение границы — это предмет договоренности, и здесь нельзя говорить об ошибочности какой-то из точек зрения. Ошибкой Мерклина представляется то, что он не перенес из латдорфа в рюпель “нижнехадумские” отложения (кызылджарские слои Крыма, узунбасскую свиту Мангышлака). Может быть, рюпельский характер их фаун не так ярко проявляется на двустворчатых моллюсках, как на брюхоногих. Но при этом Р.Л. Мерклин признавал, что узунбасская и другие “хадумские” фауны резко отличаются от чеганской.