В статье обсуждается структура научно-исследовательской практики магистров по программе «Современное естествознание» (направление «Педагогическое образование»). Концепция базируется на инновационном сочетании двух взаимодополняющих компонентов: «Естественнонаучный проект» и «Лабораторный практикум “Естествознание”». Подробно рассмотрено содержание деятельности магистров при освоении каждого из компонентов научно-исследовательской практики.