В статье обсуждается вопрос о преподавании дисциплины «Теоретические основы физических методов исследования в естествознании» в системе подготовки магистров естественнонаучного образования. Концепция рассматриваемого курса базируется на понимании того, что профессиональная подготовка магистров естественнонаучного образования предполагает знание как теоретических, так и экспериментальных основ физических методов исследования в естествознании. В процессе преподавания дисциплины обращается внимание на широкие инновационные возможности физических методов исследования в различных приоритетных областях естествознания.