В статье проанализированы подходы к проведению экологического мониторинга естественных и искусственных водоемов, используемых в технологическом цикле АЭС, а также обоснована комплексная система экологического мониторинга до ввода в эксплуатацию АЭС, рассмотрены основные принципы организации наблюдений для водоемов строящихся АЭС России. Предложена структура унифицированной программы экологического мониторинга естественных водоемов, которые предполагается использовать для водоснабжения атомных станций, до ввода в эксплуатацию, на примере Балтийской АЭС.