Приведены современные представления о микробиоценозах слизистых открытых полостей, обеспечивающих жизненно необходимый оптимальный уровень реактивности макроорганизма и его антиинфекционную резистентность. Подтверждена роль микроорганизмов в обучении защитных систем макроорганизма в онтогенезе. Показано, что механизм функционирования колонизационной резистентности и мукозального иммунитета является единым для всех биотопов слизистых независимо от их локализации и их микробиоценозов. Запуск инфекционного процесса является следствием взаимодействия микроорганизмов биотопов слизистых и возбудителей инфекционных заболеваний с TL-рецепторами (TLR), уровень экспрессии которых связан с выраженностью показателей местного иммунитета (секреторных иммуноглобулинов и цитокинов). Изменения уровней микробиологических показателей, гуморальных факторов микробиоценозов и активности TLR слизистых открытых полостей отражают патогенетические механизмы инфекционных заболеваний и могут быть диагностическими и прогностическими критериями динамики течения инфекционно-воспалительных процессов различной локализации.