Обобщение концептуальных представлений о региональных инновационных системах позволяет классифицировать инструменты их управления. Предлагается различать инструменты прямого воздействия, стимулирования, поддержки, обратной связи. В статье также анализируется возможность использования для управления этими системами инвестиционной среды, так как образы региона как инвестиционно привлекательного и инновационно ориентированного усиливают действие друг друга и способствуют становлению инновационной системы. Установлено, что связь между инновационными и инвестиционными процессами в российских регионах недостаточно прочна, что является управленческим вызовом.