Хорошо известно, что микробиологический мониторинг как комплексное и динамическое наблюдение за патогенными и условно-патогенными микроорганизмами, выделенными от пациентов, персонала и объектов больничной среды, их свойствами и особенностями циркуляции реализуется на организменном и популяционном уровнях. Задачами микробиологического мониторинга на организменном уровне являются: этиологическая расшифровки ИСМП; оценка антибиотикорезистентности выделенного возбудителя; принятие управленческих решений по лечению и профилактике ИСМП.