Цель работы состояла в изучении видового спектра и комбинационного разнообразия бифидобактерий у детей с функциональной диспепсией (ФД). Обследовано 73 ребенка с ФД в возрасте 4–6 лет. Группу сравнения по общей характеристике микробиоты толстой кишки составили 100 здоровых детей, сопоставимых по возрасту. У 32 из них был изучен видовой спектр бифидобактерий в кишечнике. Видовая диагностика бифидобактерий проводилась с использованием метода полимеразной цепной реакции. У детей с ФД выявлены дисбиотические изменения в кишечном биотопе, характеризующиеся дефицитом бифидобактерий и селекцией оппортунистических микроорганизмов. Показано изменение видовой структуры бифидобактерий у детей с ФД: снижение распространенности популяций Bifidobacterium catenulatum и появление редких видов бифидобактерий – B. dentium и B. angulatum. Установлены различия в формировании видового предпочтения бифидобактерий в условиях совместного вегетирования в кишечном биотопе детей с ФД и у здоровых. Комплексный анализ микроэкологического статуса кишечника детей с ФД с использованием неинвазивных методов, включающий изучение видового профиля, ассоциативного потенциала, коммуникативных особенностей бифидобактерий дополнит комплекс диагностических критериев, позволит разработать прогностические маркеры и определить параметры последующей терапии ФД.