Цель исследования – выявить проблемы формирования инновационной системы регионального АПК. Поставленная цель обусловила необходимость решения следующих задач, отражающих логику исследования: определить место инновационной системы в экономической системе страны и регионов; выявить особенности современного функционирования регионов страны, определить методологические подходы к формированию инновационной системы регионального АПК, провести анализ основных показателей развития научных исследований и разработок в РФ; показать основные направления совершенствования инновационной системы регионального АПК. Объектами исследования являлись региональные АПК. Рассмотрены методология исследования формирования инновационной системы развития АПК, различные подходы к развитию экономических систем (хозяйственноотраслевой, формационный, цивилизационный); показаны две формы движения системы: функционирование и развитие; дан анализ состояния и тенденций в развитии фундаментальной и прикладной науки и опытно-конструкторских разработок в России; показана активизация государства в отношении взаимодействия науки и производства. Установлено, что формирование инновационной системы АПК должно учитывать специфику воспроизводства в рассматриваемом комплексе и особенно в центральном его звене – сельском хозяйстве. При этом влияющие на процесс воспроизводства в АПК факторы оказывают воздействие, прежде всего, на формирование издержек производства продукции агропромышленного комплекса. Отсюда необходим учет требований действующего в АПК объективного закона компенсации повышенной нормы прибавочного продукта. Доказана необходимость разработки и реализации нового подхода к созданию соответствующей инновационной системы инновационной инфраструктуры, рыночная ориентация которой будет определяться способностью обеспечивать выполнение всех функций в условиях рыночной экономики и возможностями быстрой адаптации к динамичным изменениям, связанным с непрерывным процессом создания новых знаний.