Перечислены и кратко описаны способы повышения самоочищающей способности пресноводных водоемов, осуществляемой в результате биологического круговорота веществ, включающего процессы создания органических веществ, их трансформацию и разрушение, осуществляемые через трофические (пищевые) связи бактериального, животного и растительного населения вод. Показано, что каждый природный акваториальный и донный комплекс (ДПК) несет свою самоочистительную нагрузку в реабилитации всего водоема, поэтому районирование и комплексное исследование подводных ландшафтов с точки зрения их роли в поддержании устойчивого качества вод и равновесия экосистемы водного объекта является весьма актуальной. С этих позиций основой для принятия природоохранных решений является выявление ДПК, проявляющих максимальную самоочистительную активность и разработка мероприятий, обеспечивающих сохранность данных ДПК и расширение их площадей.