Инновационная направленность развития экономики вносит коррективы в стратегическую направленность развития всех отраслей экономики. Важнейшей проблемой, требующей незамедлительного решения в условиях инновационной экономики, является создание институциональных условий для трансформации капитала знаний в целях обеспечения инновационной деятельности, как на уровне государства, так и на уровне регионов. В статье обосновывается необходимость формирования институтов государственно-частного партнерства в инновационной деятельности в целях реализации стратегических национальных приоритетов страны и выхода экономики на траекторию инновационного роста