В работе рассмотрена структура программного комплекса позволяющего выделять паттерны из сигналов ЭЭГ, а также строить и исследовать модели состояний и процессов головного мозга на основе паттернов. Приводится описание подхода к параметризации паттернов и способа построения моделей состояний и процессов мозга на их основе