С июля 1941 г. по ноябрь 1944 г. продолжалась оборона Заполярья. Для ее осуществления в августе 1941 г. был создан Карельский фронт, его медицинская служба и тыловые учреждения. Медицинское обеспечение Карельского фронта и его тыла осложнялись особенностями транспортной системы региона, суровыми климатическими условиями, неблагоприятной эпидемиологической обстановкой и недостаточным количеством медицинских учреждений. В короткие сроки военным и гражданским медикам удалось наладить систему эвакуации раненых и больных, развернуть госпитальную базу фронта на более чем 17 тыс. коек, стабилизировать эпидемиологическую обстановку. В результате при относительно низкой хирургической активности (20,9%) и госпитальной летальности (0,1%) медикам Карельского фронта и его тыла удалось вернуть в строй 84,2% раненых и больных, что является одним из самых высоких показателей по сравнению с медицинскими учреждениями областей центрального региона России. Одной из особенностей фронта, благоприятно сказавшихся на его медицинском обеспечении, была эффективная деятельность Архангельского государственного медицинского института, переориентировавшего в тылу свою педагогическую, научную и лечебную деятельность на нужды военного времени.