Изучение нуклеотидной и аминокислотной последовательностей ВКЭ, выделенных в разных регионах, позволило разделить эти вирусы на три подтипа: европейский, сибирский и дальневосточный. Недавно получены данные о циркуляции в Азии вариантов ВКЭ, филогенетически далеко отстоящих от других известных подтипов. На территории РФ циркулируют все подтипы вируса, но преобладает сибирский генотип. В настоящее время существует 4 препарата инактивированных концентрированных очищенных вакцин для защиты от ВКЭ. Две вакцины приготовлены на основе штамма, относящегося к дальневосточному подтипу ВКЭ, и две — на основе штаммов европейского подтипа