Клещевой вирусный энцефалит (КЭ) — природноочаговый трансмиссивный зооноз, возбудителем которого является вирус клещевого энцефалита (ВКЭ), род Flavivirus семейства Flaviviridae. Современная классификация ВКЭ, основанная на данных молекулярно-генетических исследований, выделяет три филогенетически обособленных субтипа: дальневосточный, европейский и сибирский (ВКЭ-Сиб). Классификация в пределах субтипа ВКЭ не разработана, что создает серьезные трудности в изучении вопросов происхождения, распространения и эволюции вируса