МЕТОДОЛОГИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ К ГЕНОТИПИРОВАНИЮ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ДЛЯ ЭВОЛЮЦИОННЫХ И ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Современная эволюция генома возбудителя туберкулеза Mycobacterium tuberculosis отличается отсутствием латерального генетического переноса, что приводит к клональной популяционной структуре данного вида, состоящего из отдельных генетических семейств. Стандартные методы типирования, основанные на мобильных (IS6110-ПДРФ типирование) или повторяющихся (сполиготипирование и MIRU-VNTR) элементах ДНК, обеспечивают высокую дискриминацию штаммов, необходимую для выявления недавней передачи, лабораторной контаминации, микст-инфекции, различения между эндогенной реактивацией и суперинфекцией при рецидиве туберкулеза. В то же время, слишком быстрая эволюция иногда может приводить к появлению идентичных профилей у неродственных штаммов (гомоплазия) в результате конвергентной эволюции. Использование различных несвязанных маркеров может разрешить эту проблему. Регулярно обновляемые базы генотипических данных доступны для глобального и локального анализа циркулирующих штаммов, они имеют также исключительное значение и для разработки стандартизованной терминологии для обозначения генотипов возбудителя туберкулеза. Некоторые из генетических семейств M. tuberculosis продолжают цикулировать на ограниченных территориях в то время как другие семейства широко распространились в мире, вероятно, по причине повышенной вирулентности и трансмиссивности (например, Beijing и LAM). Наиболее часто встречаемый российский вариант Beijing B0/W148 отличается существенно более быстрым ростом субпопуляции по сравнению с популяцией Beijing в целом, что показывает «успешность» этого варианта M. tuberculosis в России. Последние достижения в геномике микобактерий выявили более существенный уровень генетической вариабельности при сравнении полных геномов даже родственных изолятов. Таким образом, полногеномное секвенирование может стать рутинным методом молекулярной эпидемиологии при условии снижения его стоимости до таковой традиционных методов генотипирования. Аккумуляция данных по различным, в том числе новым, маркерам, разработка и применение новых математических алгоритмов для их обработки и анализа позволят провести более точное моделирование эволюции M. tuberculosis и его семейств на различных отрезках времени, эпидемиологический мониторинг их циркуляции внутри стран и в глобальном масштабе.

• Мокроусов И.В.

• Науки о человеке