Идентификация видовой принадлежности паразитов предопределяет успешную работу специалистов в диагностике и лечении пациентов. Определение микроорганизмов до вида с помощью масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF MS) хорошо изучено и широко используется в практике. В меньшей степени протеомный анализ применяется как таксономический инструмент для идентификации многоклеточных организмов. Определение вида членистоногих с использованием MALDI-TOF MS исследовано для дрозофил, мокрецов, мухи цеце и других насекомых.