Цемесская бухта с прилегающей частью открытого моря известна как важный рекреационный и рыбопромысловый район, что обусловливает необходимость мониторинга обстановки в аквальных ландшафтах. Разработка месторождения мергеля и производство портландцемента в г. Новороссийске представляют экологическую угрозу для бухты. Биогеохимическое исследование 150 проб водорослей выявило участки акватории с неблагоприятной обстановкой. Десятилетний мониторинг показал изменение содержаний металлов в макрофитах.