Микроорганизмы — информативная группа биоиндикации при оценке состояния среды обитания гидробионтов в искусственных условиях. Изменения разнообразия гетеротрофных микроорганизмов в составе водных микробных сообществ связаны с температурным режимом и с концентрациями органических веществ. Целью настоящего исследования стал молекулярно-генетический анализ микробных сообществ, формирующихся в воде и на поверхности икры байкальского омуля в условиях искусственного разведения. В воде из инкубаторов с икрой отмечено значительное разнообразие водных гетеротрофов, широко распространенных в пресных водоемах различного уровня трофности. Среди типичных водных органотрофных микроорганизмов в микробном сообществе из пруда-накопителя отмечены потенциальные патогены рыб, развивающиеся при повышенной температуре и высоком содержании органических веществ. Гетеротрофные микроорганизмы, ассоциированные с икрой, представлены как характерными для природных вод, так и симбиотическими и потенциально патогенными видами. Индикаторами среды обитания гидробионтов в условиях их искусственного разведения являются хемоорганогетеротрофные микроорганизмы. При этом следует учитывать физиологические особенности их метаболизма, способность формировать биопленки и наличие адгезии к субстратам.