Описывается модернизированный программно-математический эталонный комплекс времени и частоты. В процессе модернизации данного комплекса были проведены работы по совершенствованию методики формирования группового водородного хранителя частоты и расчету национальной шкалы времени. Для уменьшения погрешности определения среднего относительного изменения частоты водородного стандарта на месячном интервале измерений были применены весовые коэффициенты. С целью уменьшения нестабильности аналитической частоты группового водородного хранителя частоты использовался скользящий интервала оценки параметров модели частот водородных мазеров. В ходе эксплуатации программы в Государственном метрологическом центре «Государственной службы времени, частоты и определения параметров вращения Земли» был сделан вывод, что применение весовых коэффициентов при определении параметров регрессионной модели изменения частоты опорного стандарта позволяет незначительно, в среднем на 1%, уменьшить среднемесячное изменение относительной погрешности на годовом интервале времени наблюдений. Было установлено, что применение скользящего интервала оценки параметров модели частот водородных мазеров на каждые сутки измерений позволяет значительно снизить нестабильность аналитической частоты группового эталона. С применением модернизированного комплекса времени и частоты относительное уменьшение СКДО составило в среднем 10% на трехмесячном интервале времени наблюдений.