Законодательством автономные учреждения определены как новый тип государственных и муниципальных учреждений, поэтому отличия между автономными и иными видами учреждений более значительны, чем между некоторыми различными организационно-правовыми формами юридических лиц. Формально превращение бюджетного учреждения в автономное не является реорганизацией, а есть лишь смена типа. Однако фактически смена типа в данной ситуации для многих учреждений может повлечь куда более серьезные последствия, чем реорганизация, и решение вопроса о выборе типа учреждения станет для многих юридических лиц жизненно важным.